对于硝化细菌去除氨和亚硝酸盐的功能鱼友已普遍接受，但对其净水功能则存在分歧。部分鱼友否认硝化细菌有净水功能，并认为如果硝化细菌使水变清了，则硝化细菌制剂中存在化学净水剂。其实这种观点是错误的，主要原因是没有考虑到硝化细菌的特性。大家知道硝化细菌的一个重要特性就是附着生长，这也是为什么需要在过滤系统添加虑料的原因，因为需要为硝化细菌附着提供载体。据研究，硝化细菌投加到系统中后，在几分钟到十几分钟内就能完成附着过程，这种强大的本领得益于其能产生特殊的胞外聚合物(EPS）物质，而这种胞外聚合物是具有絮凝作用的，能够吸附水体中的悬浮物和胶体物质；同时硝化细菌在作用过程中产酸，会改变系统中物质的带电状态。所以在水族箱硝化功能建立过程中有经验的鱼友都会观察到一个水体从雾蒙蒙到通透的过程。一些学者在研究中也发现随着硝化系统的建立，水体会变得越来越通透，同时当水体变得略有浑浊或胶体物质变多时，也意味着硝化系统出现了问题。 许多微生物都能产生絮凝剂类物质，并且部分产品已经工业化应用。由于硝化细菌代时长、繁殖速度慢，所以利用硝化细菌生产絮凝剂的商业价值不大，但也不能因此就否定硝化细菌这方面的功能。 当然目前市场上确实存在一些用化学絮凝剂伪装成硝化细菌的产品，或者可能在某些硝化细菌中添加有絮凝剂，但不能因此就否定硝化细菌的净水功能。

        所以我们的结论是：（1）有净水功能的不一定是硝化细菌，但是好的硝化细菌一定有净水功能；（2）硝化细菌的主要功能是去除氨和亚硝酸盐，净水是他的辅助功能。